本系課程規劃設計以培育適於生物科技產業所需的實務人才為目標，期許學生在修業期間能學習微生物發酵、細胞培養等學識與各類技術；更進一步為國內藥廠、生技公司、妝品廠與保健食品廠訓練製劑製造實務人員與藥品品管實務人員。

藉由實作課程的操練與學習製藥及特用化學品等各類技術，讓學生具備有製造實務與管理能力進而投入生技醫藥相關產業。

核心課程
生技與製藥概論、普通生物學、化學(含實驗)、普通物理學、微積分、微生物學(含實驗)、生物化學(含實驗)、分析化學、有機化學、生理學、藥物學、儀器分析(含實驗)、藥物動力學、生物統計與套裝軟體、生物資訊

生物科技課程
細胞生物學、分子生物學及實驗、應用微生物及實驗、生物技術原理與實驗、組織培養實驗

製藥技術課程
粉體科學與實驗、製劑學(一)(二)、固體製劑劑型設計實驗、半固體製劑劑型設計實驗、液體製劑劑型設計實驗、藥物分析(含實驗)、藥用物理化學

妝品調製課程
化妝品學、藥妝應用植物學、化妝品調製學與實驗、化妝品檢驗學與實驗、醫學美容

專業選修課程
醫學生技概論、生技保健食品、中草藥製劑開發與應用、顯微鏡技術、酵素學、作物栽培與實驗、營養學、健康管理學、結構生物學、茶加工與利用、毒理學、藥理學、生技製藥機械、生物藥製藥學

專業實務課程
科學導論、專題探究、實驗室學習、實驗室實作、實驗室專題、專題研究/實習、專題研究、企業實習(一)(二)、實習、生技製藥技能實作、藥物分析技能實作

專業應用與管理課程
製藥專業英文、科技導讀文獻、書報討論、優良實驗室操作規範(GLP)、生技產品行銷與服務、優良製造規範(GMP)、生技醫藥法規與專利權、生技醫藥產業實務、藥廠GMP實務、工業藥學、生技醫藥產業管理、藥品CMC原理與操作、生技保健產品開發、植物生技產業應用