本系的發展重點乃結合政府機關、職訓單位、學校與策略聯盟廠商的優勢與各項資源，並以「無縫接軌」就業為導向，培養學生除具備生物科技的基本學能與技術，並輔以製劑製造與品質管制之實務操作能力，使學生達到「畢業即就業、上班即上手」的目標。

大學部的教育目標：培養兼具生物科技與製藥技術基礎理論與實務的專業，並能成為生技製藥產業中階幹部的實務人才 (製造、品管或服務人才)。
 

碩士班的教育目標：著重於學生之生物科技、製藥技術、生物統計等專業素養的養成教育，同時藉由實驗操作、研究設計、商品開發等訓練培養學生擁有獨立解決問題的能力，未來可成為生技製藥產業中的研發實務人才。